Studia rozpoczęła w 1949 roku w Państwowej Wyższej Szkole Sztuk Plastycznych w Sopocie, z której po roku przeniosła się do Warszawy. Tam kontynuowała naukę na Wydziale Tkaniny Akademii Sztuk Pięknych, gdzie otrzymała dyplom w 1954 rokuPo ukończeniu studiów Abakanowicz przez dwa lata pracowała jako kierownik artystyczny w Fabryce Jedwabiu Naturalnego w Milanówku, następnie jako projektant współpracowała ze spółdzielnią Artystów Plastyków Ład..
Od 1965 do 1991 roku pracowała w poznańskiej PWSSP, gdzie opracowała program Pracowni Gobelinu, którą następnie przez wiele lat prowadziła na Wydziale Malarstwa, Grafiki i Rzeźby. Na początku lat 60. artystka stworzyła swój pierwszy cykl abakanów – dużych przestrzennych obiektów wykonanych w technice tkackiej, za które w 1965 roku otrzymała złoty medal na Biennale w São PauloNa początku lat 60. artystka nawiązała współpracę z Doświadczalną Pracownią Tkactwa Artystycznego prowadzoną w Warszawie przez Marię Łaszkiewicz, od 1961 do 1966 roku biorąc udział w corocznych wystawach tej pracowni.. W 1976 roku artystka otrzymała tytuł naukowy profesora nadzwyczajnego sztuk plastycznych. W 2002 roku uhonorowana została doktoratem honoris causa przez Akademię Sztuk Pięknych w Poznaniu. W styczniu 2021 roku profesor Magdalena Abakanowicz została oficjalną patronką uczelni.
Jej prace znajdują się w kolekcjach najważniejszych instytucji wystawienniczych na całym świecie, m.in.: Centre Georges Pompidou, Paryż (Francja); Kyoto National Museum of Modern Art, Kioto (Japonia); Ludwig Museum, Kolonia (Niemcy); Metropolitan Museum of Art, Nowy Jork (USA); Museum of Modern Art, Nowy Jork (USA); Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofia, Madryt (Hiszpania); National Museum of Modern Art, Pusan (Południowa Korea); National Museum, Sztokholm (Szwecja); Sezon Museum of Modern Art, Tokio (Japonia); Stedelijk Museum, Amsterdam (Holandia); Virginia Museum of Fine Art, Richmond, Virginia (USA).
Dzieła Magdaleny Abakanowicz wystawiane były na licznych wystawach zbiorowych na całym świecie, m.in.: VII Biennale de Sao Paulo, Brazylia (1965); Wall Hangings, The Museum of Modern Art, Nowy Jork, USA (1969); Biennale Venezia 1980, Polish Pavilion 1982, Wenecja, Włochy (1982); Biennale International de la Tapisserie, Lozanna, Szwajcaria (1985); The Fujisankei Biennale, International Exhibition for Contemporary Sculpture, Japan (1993); Unser Jahrhundert – Our Century, Museum Ludwig, Koln, Germany (1995); L’autre moitié de l’Europe, Gallerie Nationale du Jeu de Paume, Paryż, Francja (2000); me&more, Kunstmuzeum Luzern, Lucerna, Szwajcaria (2003); Monochromos de Malevich al presente, Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofia, Madryt, Hiszpania (2004).
Indywidualne wystawy prac artystki miały miejsce w licznych muzeach i galeriach w Europie, Azji, Ameryce i Australii, m.in.: CBWA Zachęta, Warszawa (1965); Helmhaus, Zurych, Szwajcaria (1968); National Museum, Sztokholm, Szwecja (1970); Whitechapel Art Gallery, Londyn, Anglia (1975); National Gallery of Victoria, Melbourne, Australia (1976); Musee d’Art Moderne de la Ville de Paris, Francja (1982); Marlborough Gallery, Nowy Jork (1989); Miami Art Museum, Miami, Floryda (1997); Metropolitan Museum of Art, Nowy Jork, USA (1999); Taguchi Fine Art, Tokio, Japonia (2004).